行政院指出，過去政府因缺乏機制掌握社會上各式經濟活動，於是就直接要求民眾在交易憑證上貼花、課印花稅。但印花稅實施至今，時空環境早已改變，隨著稅制成熟，政府掌握經濟活動的機制已相當完善，且印花稅占總體稅收的比重也逐年下降，重要性也已不若過往。
行政院進一步指出，由於同一交易行為須核課印花稅及營業稅等稅目，有重複課稅的疑慮，且徵納雙方對於是否構成課稅憑證及究屬何類課稅憑證，也時有爭議；對於印花稅採貼花或彙總申報完稅方式不易控管，易生逃漏；甚至主張合約於國外簽訂，藉以規避稅負；此外，印花稅稅源可跨縣市流動，造成地方政府間爭稅情形。因此，廢止印花稅法可消除納稅義務人交易過程的干擾，並降低交易成本，對於促進經濟成長有正面助益，更可讓全民受惠。
行政院最後表示，對於地方稅收因此短收部分，有鑑於印花稅屬百分百直轄市及縣（市）收入，若經立法院審議廢止印花稅法，未及納編預算的年度將先由該院衡酌中央政府財源，統籌規劃全額補足各地方政府減少的稅收；之後的年度則由財政部編列預算作為替代財源，未來納入財政收支劃分法修正草案通盤處理。
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